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近幾年來，國內(nèi)外專家學者對動物微生態(tài)制劑的理論基礎(chǔ)、動物微生態(tài)制劑在動物體內(nèi)的作用機理進行了廣泛的研究。隨著微生態(tài)學研究的不斷深入，人們越來越清楚地認識到動物機體微生態(tài)的平衡對維護其機體健康起著非常重要的作用。當前，利用微生物活菌調(diào)節(jié)畜禽機體微生態(tài)平衡，從而保障畜禽的正常生理功能、增強其健康水平，在世界范圍內(nèi)已被廣泛關(guān)注。
 微生態(tài)制劑的作用機理主要包括以下幾個方面：

 1.優(yōu)勢種群學說

正常微生物群與動物和環(huán)境之間所構(gòu)成的微生態(tài)系統(tǒng)中， 優(yōu)勢種群對整個種群起決定作用。一旦失去了優(yōu)勢種群，則該微生態(tài)平衡失調(diào)，原有優(yōu)勢種群發(fā)生更替，使用飼用微生物添加劑的首要目的在于恢復優(yōu)勢種群。  

2.生物拮抗作用

有益微生物在體內(nèi)對病原微生物有生物拮抗作用，可競爭性抑制病原微生物粘附到腸黏膜上皮細胞，同病原微生物爭奪有限的營養(yǎng)物質(zhì)和生態(tài)位點，并將其驅(qū)除定植地點，從而不利于病原微生物的生長繁殖。

3.微生物奪氧學說
 一些需氧的微生物特別是芽孢桿菌能消耗腸道內(nèi)氧氣，造成局部厭氧環(huán)境，有利于厭氧微生物生長，從而使失調(diào)菌群恢復正常。

當飼用微生物添加劑中某菌種以孢子狀態(tài)進入畜禽消化道后迅速生長繁殖， 消耗腸內(nèi)氧氣，使局部氧分子濃度下降，從而恢復腸內(nèi)微生物之間的微生態(tài)平衡，達到防病治病、促成長之目的。

4.增強機體的免疫功能

微生態(tài)制劑中的有益菌是良好的免疫激活劑。大量研究表明乳酸菌可誘導機體產(chǎn)生TNFa、白細胞介素等細胞因子，通過淋巴循環(huán)活化全身的免疫防御系統(tǒng)，增強機體抑制癌細胞增殖的能力。

5.產(chǎn)生有益代謝產(chǎn)物及抗菌物質(zhì)
有益微生物進入腸道后產(chǎn)生乳酸和乙酸、丙酸、丁酸等揮發(fā)性脂肪酸，降低腸道pH值，抑制致病菌的生長，激活酸性蛋白酶活性。乳酸乳球菌產(chǎn)生乳酸鏈球菌素， 枯草桿菌產(chǎn)生枯草桿菌素等抗菌肽物質(zhì)。某些益生菌還可合成抗生素、有機酸、H202等物質(zhì)抑制有害菌的生長，從而起到生物拮抗作用。

6.合成酶類
芽孢桿菌具有很強的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶活性，這些酶類可補充動物機體消化道內(nèi)源酶的不足，幫助動物機體對營養(yǎng)物質(zhì)的消化，提高飼料轉(zhuǎn)化率，促進動物成長。

      7.營養(yǎng)作用
益生菌（如乳桿菌，雙歧桿菌等）能夠合成多種維生素如葉酸、煙酸、維生素B1、B2等，促進機體對蛋白質(zhì)、鈣、鐵和維生素D 的消化吸收，從而起到促進畜禽成長和提高生產(chǎn)性能的作用。

8.防止產(chǎn)生有害物質(zhì)，改善機體環(huán)境
當機體內(nèi)微生態(tài)平衡失調(diào)時，大腸桿菌比例增高，分解蛋白質(zhì)產(chǎn)生氨、胺、細菌毒素等有毒物質(zhì)。微生態(tài)制劑可顯著降低大腸桿菌、沙門氏菌數(shù)量，抑制病原菌， 減少蛋白質(zhì)向胺及氨的轉(zhuǎn)化，使腸內(nèi)糞便和血液中氨濃度下降，從而降低糞便臭味， 改善舍內(nèi)空氣質(zhì)量，減少機體應(yīng)激，降低對環(huán)境的污染。